南陽村鎮銀行實行在董事會領導下的行長負責制。高級管理層由行長、副行長、行長助理等高級管理人員組成。行長由董事長提名，董事會聘任；副行長等高管人員由行長提名，董事會聘任。高級管理層與董事長、監事長、董事會秘書共同組成南陽村鎮銀行的經營管理團隊。